La Présidence du Conseil des Ministres membres de la COMIFAC est assurée par la République du Burundi depuis janvier 2015 pour un mandat de deux ans. Ce poste est en effet occupé par S.E. Emmanuel NIYONKURU, Ministre de l’Eau, de l’Environnement, de l’Aménagement du Territoire et de l’Urbanisme du Burundi et Président en exercice de la COMIFAC. Il a remplacé à ce poste S.E. NDUWAYO Jean Claude. Avant le Président en exercice actuel, sept (7) Présidents ont assuré la présidence depuis la création de la COMIFAC. Il s'agit respectivement de:

1. M. Sylvestre NAAH ONDOUA, Ancien Ministre de l'Environnement et des Forêts de la République du Cameroun;
2. M. Henri DJOMBO, Ministre de l'Économie Forestière de la République du Congo;
3. M. Emile DOUMBA, Ministre de l’Économie forestière, des eaux, de la pêche et des parcs nationaux de la République Gabonaise;
4. M. Teodoro NGUEMA OBIANG MANGUE, Ministre de l’Agriculture et des Forêts de la Guinée Équatoriale;
5. M. Emmanuel BIZOT, Ministre des Eaux, Forêts, Châsses, Pêche de la RCA, a été précédé par Mme Yvonne MBOISSONA, ancienne Ministre Centrafricaine des Eaux, Forêts, Châsses, Pêches et de l'environnement;
6. M. Bavon N’SA MPUTU ELIMA, a été précédé par M. Jose ENDUNDO BONONGE, Ministre de l'Environnement, Conservation de la Nature et Tourisme de la RDC
7. Mme Rosine BAIWONG DJIBERGUI AMANE Ministre de l'Agriculture et l'Environnement , a été précédée respectivement par M. MAHAMAT ISSA HALIKIMI et M. Bechir OKORMI, Ministre de l’Environnement et des Ressources Halieutiques de la République du Tchad.