Les organismes spécialisés sont crées en application des protocoles annexes au présent Traité ou peuvent être créés par la Conférence sur recommandation du Conseil. Ils agissent dans le cadre des missions qui leur sont confiées.

Sous réserve des règlements du Conseil, les organismes spécialisés se réunissent aussi souvent que nécessaire à la bonne exécution de leurs missions.

Ils élaborent leur règlement intérieur et l soumettent au Conseil pour approbation.

Actuellement la CEEAC compte trois (3) organismes spécialisés:

• La Commission des Forêts du Bassin du Congo (COMIFAC), chargée de coordination, d'harmonisation et de décision en matière de conservation et de gestion durable des écosystèmes forestiers et de savanes en Afrique Centrale;

• Le Pool énergétique de l’Afrique Centrale (PEAC), chargé  de la mise en œuvre de la politique énergétique, du suivi des études et de construction des infrastructures communautaires et de l’organisation des échanges de l’énergie électrique et des services connexes dans l’espace CEEAC;

• La Commission Régionale des Pêches du Golfe de Guinée (COREP), chargée  de la réalisation des objectifs visés par la Convention : coordonner,  harmoniser  et  développer  l’exploitation  des pêcheries dans les Zones Économiques Exclusives (ZEE) des pays membres.